2024/02/21 北陸医大教授との思い出 (2)

教授との思い出といっても、キチンと時系列に沿っているわけもないし、整然と整理されているわけでもない。 思い出すままに、雑然と、しばらくは記載していくことにしよう。

細胞株、という言葉には明確な定義は存在しないようであるが、大抵「形質やゲノムが概ね均一な細胞集団」というような意味で使われることが多いように思われる。 同様に「細胞株を樹立する」という語も意味は曖昧であるが、「長期間にわたり形質を維持したまま培養可能な細胞株を得る」というような意味で使われることが多いのではないか。

私は北陸医大時代、ある癌細胞由来の細胞株に対して、詳細は伏せるが、ある種の浸潤アッセイのような操作を行うことによって「浸潤能が高い細胞株」を選び出し、 これと元の細胞株との間で遺伝子発現にどのような差があるかを調べる、という研究を行おうとしていた。 この「選び出された細胞株」を、以後、便宜上、「高浸潤株」と呼ぶことにしよう。 なお、これは我々の研究室で以前から同様の研究を継続していたものであって、いわば教授から与えられたテーマである。 教授から与えられたテーマで実験・研究するだけでは、世間一般の基準でいえば、博士を称するには値しない。 私は細胞を使った生物学実験については素人であったから、教授から与えられたテーマで研究を開始し、途中から独自性を発揮することで博士相当の研究に到達する目論見であった。

そもそも、形質が一様である (と思われている) 癌細胞株 (以下、親株と呼ぼう) に対して簡単なアッセイ操作を行うだけで、元の細胞株とは形質の異なる「高浸潤株」を選び出すことができる、ということ自体、興味深い話である。 これは、親株も実は形質が一様ではなく、浸潤能の高い細胞と低い細胞とが混在している、ということであろう。 この混在が、遺伝子の相違によるものであるのか、エピゲノム的な問題なのか、あるいは環境的な問題なのか、など、イロイロと議論の余地がある。 ここを巡ってもイロイロと思うところはあるのだが、デリケートな話になるので、これ以上は触れない。

「浸潤能」という語も曖昧であり、評価方法も定まっているとはいえない。 「浸潤アッセイ」と呼ばれる実験系は多数存在するが、大抵、細胞の浸潤と増殖とを明確に分離できていないため、評価には慎重を期す必要がある。 我々の研究室で従来採用していた「浸潤能の評価法」は、不思議なものであった。 一応、市販の実験キットを使っているのだが、販売元の推奨する方法とは異なるやり方で「浸潤能」を評価していたのである。 詳細はデリケートな話になるので省くが、その方法では浸潤よりも増殖の影響を強く反映してしまうのではないか、と思われた。 これについて、研究検討会で指摘したことがあるのだが、教授は「従来、これでやってきているのだから、これでよい」として、私の主張を気にも留めなかった。 ある学生は、このおかしな方法で「浸潤能」を評価したために、「細胞の浸潤能が分単位、時間単位で刻々と変化する」というような実験結果になってしまった。 常識的には、細胞の浸潤能がそのような短時間で変化するとは考えにくいのだが、そのような奇妙な実験結果でも、論文誌の査読を通過した。

私も、そのように、難しいことを考えずに査読を通すことだけ考えていれば容易に博士学位を取得できたであろう。 実際、そうしようかと思ったことも何度もあるのだが、結局、できなかった。 今から思えば、それができるぐらいなら、私は京都大学を辞めなかったであろう。

2024.02.01 追記

2024/02/10 北陸医大教授との思い出 (1)

現代では、大学等における研究成果は、査読つきの論文誌に投稿し発表することが一般的である。 質の高い論文誌は質の高い研究を厳選して掲載しているので、そうした質の高い論文誌に自分の書いたものが載ることは、たいへん名誉なことである。 また、そのような有名論文誌に何報の論文が掲載されたのか、といった指標を使うことで、研究者としての実績・業績を客観的に評価することができる。 論文誌の質の高低は、impact factor によって客観的に評価することができる。 すなわち、高い impact factor を与えられている Nature, Science, Cell、あるいは臨床医学でいえば The New England Journal of Medicine などは、質の高い論文誌であるといえる。

と、いうようなことを言う人が、特に医学の分野においては少なくないが、全く的外れである。 Impact factor を科学者の業績評価で使うべきではない、さらにいえば論文の価値を被引用数で評価すべきではない、 という点については 2017 年に述べたので、ここでは繰り返さない。 しかし現時点では、少なくとも北陸医大においては、impact factor などを指標とした業績評価が広く行われているようである。 教授選考の過程で具体的にどのような議論がなされているのかは知らぬ。しかし、 科学的・医学的な妥当性はともかく査読さえ通ればそれでよい、という程度の低水準な論文をたくさん書いた者が高く評価され、北陸医大では教授になることもできるのではないか。

北陸医大の大学院生として、私は、癌細胞の細胞株を用いて、浸潤能を規定する遺伝子を探索する、という研究をやりかけた。 やりかけはしたのだが、結局、私は学術研究と呼べる水準のことをできなかった。 私の側にも問題がなかったとまではいわぬが、教員側の指導能力、さらにいえば科学者としての研究遂行能力に、大いに問題があったと考えている。 当初私は、ある細胞株を元にして「浸潤性の高い細胞株」を作成し、元の細胞株との間でどのように遺伝子発現の差異があるのかを、RNA マイクロアレイを用いて検討する、という実験を行った。 この「浸潤性の高い細胞株」という表現にも問題があるのだが、それについては別の機会に述べよう。 RNA マイクロアレイというのは、RNA を含む検体に対し、どのような配列の塩基配列がどの程度含まれているのか、 おおまかにいえば、どの遺伝子の転写産物 (tRNA) がどの程度含まれているのかを、網羅的に測定する実験手法である。 これにより、元の細胞株に比して、高浸潤株で RNA 量が増加しているような遺伝子がみつかれば、その遺伝子が浸潤性を司っているのではないか、と推定できる、というわけである。 しかし RNA マイクロアレイというのは実験誤差が小さくない手法なので、一回の測定を行っただけでは、本当に意味のある結果を得ることは難しい。 何回かの測定を繰り返し、統計的に評価することで、はじめて「本当に発現増加していそうな遺伝子」を推定することができる。 この統計的な処理には、単に誤差を評価するということだけでなく、正規化 (あるいは規格化) と呼ばれるデータ処理も含まれるが、 具体的に「こうすれば良い」という画一的、一般的な手法が存在せず、どうするのがマシであるかという議論が何十年も続けられている。

医学研究者と称する者の中には、統計学や数学はもちろん、生物学もろくに修めていない者が少なくない。 そういう人々は、誤差の評価だとか、マイクロアレイのデータ解析だとかの重要性を、理解できない。 私は、誤差評価のために同一条件で何度か測定する必要があるのではないか、と教授に述べたのだが、 「我々の研究室では、これまで一回の測定で実験を進めてきたのだから、何回も同じ条件で測定する必要はない。皆と同じようにやりなさい。」と指示されるのみであった。 なぜ誤差評価が不要なのか、という説明が簡単にでもあるならば、納得するなり反論するなり対応できたが、「これまでそうだったのだから、同じようにやれ」では、どうしようもない。 せめて、学生の主張に耳を貸すだけの度量があればよかったのだが、一方的に指示するだけでは、議論もできない。 なお、そういう学術的な問題について相談できる相手は、少なくとも研究室内には一人もいなかった。 実験を始めてすぐに、私は頭を抱えた。


2024/02/09 日記再開

昨日、陸奥大学 (仮) 大学院博士課程入試の合格発表があった。 無事に合格したので、4 月からは陸奥大の大学院生となる。 週 1 回程度、非常勤で勤務する予定であるが、基本的には大学院生として 4 年間を過ごすことになる。 京都大学で 3 年間、北陸医大で 8 年間を博士課程学生として過ごしたが、結局、学位は取らずに現在に至る。 陸奥大で 4 年間の大学院生活を送る予定なので、結局、学位取得に 15 年間をかけることになる。 この部分だけみると、とんでもなく無能な学生のようにみえるかもしれないが、私は、そうは思わない。 むしろ、科学者としての誇りを守ったからこそ、学位を取得できなかったのである。 問題があるのは私の能力ではなく、現在の日本の教育システムである。

なぜ、大学院を二度も辞めることになったのか。そのあたりの事情を、明日から書いていくことにしよう。


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